Le secrétaire général du ministère exerce trois missions :

1° - Une mission opérationnelle

Il anime l’action territoriale conduite par le réseau : 7 préfectures de zone, 24 préfectures de région, 100 préfectures et 240 sous-préfectures. Allocation des moyens humains et financiers, simplification des titres, gestion de la carrière des membres du corps préfectoral, organisation des élections, conception de la réglementation relative à l’administration territoriale et à la sécurité routière : sous l’autorité du secrétaire général, la direction de la modernisation de l’action territoriale est compétente pour l’ensemble des sujets ministériels et interministériels qui concernent le niveau déconcentré.

2° - Une mission de sécurité nationale

Le secrétaire général, haut fonctionnaire de défense, organise et coordonne l’action du ministère dans le domaine de la sécurité nationale. Désigné par le livre blanc pour la Défense et la loi de programmation militaire d’août 2009 comme le responsable de la sécurité nationale, le ministère exerce des responsabilités gouvernementales en matière de planification et de gestion interministérielle des crises. Planification sur les risques émergents, centre interministériel de crise à l’hôtel Beauvau, exercices, pilotage des crises avec les ministères compétents, mobilisation de la chaîne territoriale de gestion de crise : le secrétaire général anime la chaine de commandement.

3° - Une mission de gestion

Le secrétaire général assume les fonctions de soutien pour l’ensemble du ministère. Gestion des personnels administratifs, préparation et exécution des budgets, gestion du patrimoine immobilier, contrôle de gestion, audit interne, mutualisations, conception, développement et maintenance des réseaux de communication et des systèmes d’information, protocole, distinctions honorifiques, RGPP, communication interne et externe du ministère pour l’administration, la police, la gendarmerie et la sécurité civile : le secrétariat général assure l’ensemble des fonctions transversales dans une recherche constante de rationalisation des moyens.