Par lettre de mission de février 2013, la garde des sceaux, ministre de la justice, la ministre des affaires sociales et de la santé, le ministre de l’intérieur et le ministre délégué auprès du ministre de l’économie, des finances et du commerce extérieur, chargé du budget ont demandé aux inspections générales de l'administration (IGA), de la police nationale (IGPN) et de la gendarmerie nationale (IGGN), des services judiciaires (IGSJ), des finances (IGF) et des affaires sociales (IGAS ) d’évaluer le schéma de la médecine légale institué à la fin de l’année 2010.
En décembre 2010, « un schéma d’organisation de la médecine légale » a en effet été mis en oeuvre pour mieux professionnaliser à l’avenir ses acteurs et ses structures et, par là, généraliser partout des prestations de qualité. La mission interministérielle visait donc à examiner la pertinence de ce schéma et les conditions de son déploiement.
Le rapport, remis à ses commanditaires en janvier 2014, montre que si une réforme était effectivement nécessaire, sa conception et sa mise en oeuvre, pour autant, sont critiquables et ses résultats insuffisants. Il trace par conséquent également les voies d’une évolution indispensable.
Par lettre en date du 29 juillet 2013, l’IGA a reçu mission de procéder à un « audit des fonctions achats et logistique des forces de la sécurité intérieure et de la sécurité civile », conjointement avec l’IGGN, l’IGGN et l’IDSC, dans le cadre du programme ministériel d’audit interne. La mission d’audit était destinée à éclairer la mission du Service achat et logistique de la sécurité intérieure (SAELSI), créé le 1er janvier 2014. Au-delà des marchés publics communs déjà conclus pour l’achat de fournitures et matériels utilisés par la police, la gendarmerie et la sécurité civile, ce service aura pour mission de rapprocher des fonctions achat et logistique aujourd’hui très différentes. En effet, une grande centralisation et une forte homogénéité de l’achat caractérisent la gendarmerie, tandis que l’achat en police est très déconcentré, et que les fonctions achat et logistique sont étroitement associées à l’opérationnel dans la sécurité civile. Les principales recommandations du rapport visent à éviter le risque d’une simple « co-localisation » des services achat et logistique des trois forces, ce qui suppose la définition de procédures, et donc de système d’informations, communs. Une approche par filière pourra être retenue en début d’exercice. Enfin, le SAELSI devra trouver son articulation avec les futurs SGAMI que la mission recommande de positionner sur les fonctions de contrôle interne et de gestion active des stocks.
Par lettre du 16 septembre 2013, le ministre de l'intérieur a demandé à l'inspection générale de l'administration, de réaliser, avec le concours de l'inspection générale de la police nationale, une mission chargée de déterminer les conditions dans lesquelles était pratiqué l’enregistrement statistique des faits de délinquance sur le ressort de la préfecture de police et de proposer des méthodes de contrôle interne et externe de cet enregistrement. Cette mission fait suite au rapport remis en juin 2013 par l'IGA, l'IGPN, l'IGGN et l’inspection générale de l'INSEE sur l’enregistrement des plaintes par les forces de sécurité intérieure, qui recommandait notamment de faire procéder à un « contrôle approfondi de la chaîne d'enregistrement des plaintes dans les commissariats de la capitale et par sondages dans des circonscriptions de sécurité publique de la petite couronne parisienne ». A cet effet, elle a effectué un contrôle par sondage dans 14 circonscriptions (8 arrondissements parisiens et 6 circonscriptions de petite couronne), réalisé sur deux périodes différentes (juin 2012 et juin 2013) et portant au total sur 2204 procédures. Le nouveau rapport a été remis au ministre en février 2014. La version mise en ligne a été anonymisée afin notamment de préserver les intérêts des agents cités ou facilement identifiables.